La Corte dei Conti esercita un controllo sulla gestione finanziaria e amministrativa di Anas (L. 259 del 1958). Il controllo della Corte dei Conti su Anas, esercitato attraverso un magistrato delegato, ha acquistato nel tempo sempre maggior peso, tenuto conto della rilevanza strategica dell’azienda.

L’importanza del controllo della Corte dei Conti, che si affianca agli altri controlli societari previsti dalla legge e dallo statuto, tiene conto della natura pubblica degli interessi perseguiti da Anas, nonché della natura pubblica di gran parte delle risorse da essa gestite, che non può non esigere il rispetto di rigorosi parametri di economicità di gestione e di razionalità economica delle scelte.

Il controllo può essere sia di legittimità che di merito e si svolge nel corso della gestione. L’attività è svolta da un magistrato che assiste alle riunioni del consiglio di amministrazione e del collegio sindacale e serve a verificare che gli enti, che gestiscono ingenti quote di risorse pubbliche, si attengano ai parametri di legittimità e adottino criteri di efficacia e economicità.

In caso di accertata irregolarità la corte formula i propri rilievi al Ministero dell’Economia e delle Finanze e al Ministero delle Infrastrutture e dei Trasporti.

Al termine di ogni esercizio, la Corte dei Conti adotta collegialmente una pronuncia in cui sono riportate le valutazioni sulla gestione finanziaria di Anas. La delibera che approva la relazione della Corte dei Conti è inviata al Parlamento per l’esercizio del suo controllo politico e finanziario oltre che ai ministeri vigilanti. 

La funzione di Delegato titolare è ricoperta a far data dal 1 gennaio 2023 dal Consigliere Gianluca Albo, che è stato nominato dal Consiglio di Presidenza della Corte dei Conti nell'adunanza del 25-26 ottobre 2022. La funzione di Delegato sostituto è stata assegnata al Referendario Mauro Senatore dal Consiglio di Presidenza della Corte dei Conti nell’adunanza del 8-9 marzo 2022.